Peptid helsekost trenger kun å plasseres på et kjølig og tørt sted.

For peptidreagenser og peptidmedisiner må de oppbevares i en tørketrommel. Frysetørkede peptider kan plasseres i romtemperatur før de utsettes for luft. Dette vil redusere påvirkningen av fuktighet, og når frysetørking ikke er mulig, er den beste måten å lagre i små arbeidsprøvevolumer. For peptidreagenser som inneholder Cys, Met eller TrP, er deoksidasjonsbufferen avgjørende for oppløsningen, fordi peptidreagensen lett oksideres med luft, og sakte flytende nitrogen eller argon fra polypeptidreagensen før forsegling av flasken vil også redusere oksidasjonen. Peptidreagenser som inneholder Gln eller Asn brytes også lett ned, og alle peptider har begrenset levetid sammenlignet med de som ikke inneholder disse problematiske lyosidene.
Peptider har et bredt spekter av løselighet. Hovedproblemet med peptiduløselighet er dannelsen av sekundære strukturer. Dette forekommer i alle unntatt de viktigste peptidene, spesielt i peptider med flere hydrofobe rester. Salt fremmer dannelse av sekundær struktur. Vi anbefaler først å løse peptidet i sterilt destillert vann eller deionisering. Hvis det er nødvendig å øke løseligheten, kan sonikering brukes. Oppløsning er fortsatt et problem, tilsetning av en liten mengde fortynnet eddiksyre (10 prosent) eller ammoniakk vil lette oppløsningen.
For langtidskonservering av peptidreagenser er det best å frysetørke, og det kaldtørkede pulveret kan lagres ved -20 grader eller lavere i flere år med liten eller ingen nedbrytning. Peptider i løsning er langt fra stabile. Peptider er mottakelige for bakteriell nedbrytning og bør løses i sterilt renset vann.
Peptidløsninger som inneholder Met-, Cys- eller Tyr-rester har begrenset levetid på grunn av oksidasjon. Bør løses i anaerobt løsemiddel, for å forhindre gjentatt fryse-tine-ødeleggelse, anbefales det å løse opp overflødig peptid i avføringsforsøket, og resten av polypeptidet bevares som fast formasjon.